در اين آزمايش، مقدار اندكي از مدفوع، از جهت وجود انگل و باكتريهاي غيرطبيعي، همچنين وجود خون، مورد ارزيابي ميكروسكوپي قرار مي‌گيرد.

علاوه بر تشخيص خون و عفونت، آزمايش مدفوع در تشخيص برخي بيماريهاي گوارشي و تغذيه‌اي نيز كمك‌كننده است.

در صورت وجود خونريزي قابل توجه از دستگاه گوارش (همانند زخم معده)، در مدفوع مقادير زيادي خون در مدفوع ديده مي‌شود. ولي خونريزي‌هاي كوچكتر و مزمن‌تر، تنها با آزمايش ميكروسكوپي قابل مشاهده هستند. به وجود مقادير اندك خون در آزمايش ميكروسكوپي، خون مخفي يا Occult Blood (به اختصار: O.B) گفته مي‌شود.

از آنجا كه درصد زيادي از حجم مدفوع از باكتريهاي طبيعي روده تشكيل شده، در آزمايش مدفوع، فقط وجود انگلها يا باكتريهاي بيماريزا گزارش مي‌گردد.

ممكن است قبل از انجام آزمايش، از بیمار خواسته شود از خوردن غذاها يا داروهاي خاصي پرهيز نماييد. عدم توجه به اين دستورات، ممكن است به گزارش مثبت كاذب يا منفي كاذب وجود خون در مدفوع بيانجامد.